กองกำกับการตำรวจตระวนชายแดนที่ 41 จัดตั้งขึ้นตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย (ฉบับที่ 14) พ.ศ.2529 ซึ่งประกาศในราชกิจจานุเบกษา ฉบับพิเศษเล่มที่ 102 ตอนที่ 170 ลง 13 ตุลาคม 2529 มีผลบังคับใช้หลังจากวันที่ประกาศในราชกิจจานุเบกษา 60 วัน อันมีผลให้แยกส่วนราชการและการบังคับบัญชาจากกองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนเขต 8 อำเภอทุ่งสง จังหวัดนครศรีธรรมราช เป็นกองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 41 ตั้งขึ้นที่ บ้านทุ่งเบี้ย ตำบลขุนกระทิง อำเภอเมือง จังหวัดชุมพร โดยใช้อาคารและสถานที่ของกองร้อยตำรวจตระเวนชายแดนที่ 7 กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนเขต 8 เดิม เป็นที่ตั้งชั่วคราวเมื่อ 12 ธันวาคม 2529 อันเป็นวันที่พระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจมีผลบังคับใช้เป็นต้นมา
เมื่อ 26 กรกฎาคม พ.ศ.2531 กองบัญชาการตำรวจตระเวนชายแดนได้มีหนังสือขอพระราชทานนามค่ายให้กับกองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนต่างๆ ในสังกัดที่จัดตั้งขึ้นตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย (ฉบับที่ 14) พ.ศ.2529 โดยพระราชทานชื่อ "ค่ายอาภากรเกียรติวงศ์" อันเป็นพระนามเดิมของพลเรือเอก พระเจ้าบรมวงศ์เธอกรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์ ให้กับกองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 41 ซึ่งต่อมาได้รับพระบรมราชานุญาตจากพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ให้กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 41 ใช้นามค่าย "อาภากรเกียรติวงศ์" เมื่อวันที่ 1 กันยายน 2531
ต่อมาเมื่อวันที่ 28 มีนาคม 2537 สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้เสด็จพระราชดำเนินทางเปิดศาลพลเรือเอก พระเจ้าบรมวงศ์เธอกรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์ ณ กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ 41 และทางหน่วยได้ยึดถือวันนี้เป็นวันคล้ายวันสถาปนาของหน่วยสืบมา