กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ ๔๑ จัดตั้งขึ้นตามพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย (ฉบับที่ ๑๔) พ.ศ.๒๕๒๙ โดยแยกส่วนราชการ และการบังคับบัญชาจากกองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนเขต ๘ อำเภอทุ่งสง จังหวัดนครศรีธรรมราช มาเป็น กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ ๔๑ ตั้งที่ บ้านทุ่งเบี้ย ต.ขุนกระทิง อ.เมือง จว.ชุมพร
เมื่อวันที่ ๑ กันยายน พุทธศักราช ๒๕๓๑ ได้รับพระบรมราชานุญาตจากพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ให้ใช้พระนาม "อาภากรเกียรติวงศ์" ซึ่งเป็นพระนามเดิมของพลเรือเอกพระเจ้าบรมวงศ์เธอกรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์ เป็นนามค่าย
ต่อมาเมื่อวันที่ ๒๘ มีนาคม ๒๕๓๗ สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา เจ้าฟ้ามหาจักรีสิรินธร มหาวชิราลงกรณวรราชภักดี สิริกิจการิณีพีรยพัฒน รัฐสีมาคุณากรปิยชาติ สยามบรมราชกุมารี ได้เสด็จพระราชดำเนินทรงเปิดศาลพลเรือเอก พระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมหลวงชุมพรเขตอุดมศักดิ์ ณ กองกำกับการตำรวจตระเวนชายแดนที่ ๔๑ และทางหน่วยได้ยึดถือวันที่ ๒๘ มีนาคม ของทุกปีเป็นวันคล้ายวันสถาปนา "ค่ายอาภากรเกียรติวงศ์" สืบมา